富士フイルムのQ&Aは、簡潔で面白いです。
この回答を読むと、最大の違いは内蔵フラッシュが
搭載されていることが、ポイントに思われます。
レンズ交換式のカメラは、
高級機種になるとフラッシュがないものが多く
本格的に使用するなら、大容量のストロボを使った方が
色々と工夫の余地もあって、美しく撮影ができるので
各社の仕様は適正な判断であると思います。
でも、ないよりあった方がもしもの場合に有効だから
X-E1には内蔵フラッシュをつけたと考えられます。
フルオートの小型デジカメと決定的に違うのは、
フラッシュを閉じている時は発光禁止なので
この点安心できます。実際、標準ズームとの組み合わせ
では、被写体ブレがなければ、必要とすることも
ほとんどないのだけど、意識して使う分には
二通りの画像を楽しむことができるので、
あって困ることはないぐらいの存在になっています。
とても小さくて、飛び出す動作が面白いので、
何度もポップアップさせているのですが、
実写で使ったことはいまだにないです。